Villa ở Phú Quốc cho gia đình thường có diện tích lớn hơn khách sạn tiêu chuẩn, với phòng ngủ riêng, phòng khách chung và bếp hoặc khu vực nấu ăn. Tại khu vực Hàm Ninh và Cửa Cạn, nhiều căn villa nằm cách bãi biển vài phút đi bộ hoặc ngay mặt tiền biển, cung cấp hồ bơi ngoài trời, sân vườn, và chỗ đậu xe miễn phí. Giá thuê trung bình cho phân khúc này dao động từ 1,2 đến 3 triệu đồng/đêm tùy theo mùa và số phòng ngủ, phù hợp cho nhóm 4-8 người.
Một trong những lựa chọn đáng cân nhắc là Lotus Home Hàm Ninh, nơi có bãi biển riêng, phòng gia đình và các hoạt động như chèo thuyền kayak, lặn ngắm san hô. Ngọc Trai Xanh Bungalow cách sân bay Quốc tế Phú Quốc 5 km, có bungalow vườn, hồ bơi ngoài trời và bếp dùng chung, phù hợp cho gia đình muốn tự nấu ăn. Cả hai đều có WiFi miễn phí tốc độ cao và nhân viên hỗ trợ 24/7. Nếu đi cùng trẻ nhỏ, nên chọn villa có rào chắn hồ bơi và yêu cầu cũi baby từ trước khi đặt phòng.